بررسی شیوع پی در پی از Burkholderia cepacia و طیف گسترده ای مقاوم در برابر چند دارو β- لاکتاماز تولید گونه های کلبسیلا در یک واحد نوزادان بیمارستان سوم آفریقای غربی: یک تجزیه و تحلیل ژنومی گذشته نگر

نوزادان بیمار بستری شده در واحدهای نوزادی در تنظیمات کم منبع در معرض خطر ابتلا به عفونت های ناشی از بیمارستان به دلیل شیوه های مراقبت بالینی ضعیف هستند. خوشه های عفونت ، به دلیل همان گونه ، با مشخصات مقاومت آنتی بیوتیکی ثابت ، و در همان بخش در طی یک دوره زمانی کوتاه ممکن است نشانگر شیوع باشد. ما از توالی کل ژنوم (WGS) برای تعریف مسیرهای انتقال و توصیف دو شیوع مجزا از باکتریه های نوزادی در یک بخش نوزادی آفریقای غربی استفاده کردیم.

مواد و روش ها

ما دو شیوع Burkholderia cepacia و طیف گسترده ای مقاوم در برابر چند ماده β- لاکتاماز (ESBL) را در یک واحد نوزادی که مراقبت های غیر عادی را در بخش نوزادان در بیمارستان کوچک آموزشی ادوارد فرانسیس ، بانژول ، بانژول ، بانجول ، گامبیا ارائه می دهد ، مطالعه کردیم. ما از WGS برای اعتبارسنجی و گسترش یافته ها از تحقیقات شیوع استفاده کردیم. ما به صورت گذشته نگر تمام ایزوله های بالینی مرتبط با هر شیوع ، از جمله جدا شده های به دست آمده از سواب سطوح بخش ، کشت مایعات محیطی ، مایعات داخل وریدی و آنتی بیوتیک های تجویز شده به نوزادان را توالی کردیم. ما همچنین ایزوله های تاریخی b cepacia مرتبط با سپسیس نوزادی را در همان بخش توالی کردیم.

نتایج

بین 1 مارس و 31 دسامبر 2016 ، 321 کشت خون انجام شد که از این تعداد 178 (55 ٪) با جداسازی بالینی قابل توجه مثبت بودند. 49 قسمت از باکتریهای باکتری B نوزادان B و 45 قسمت از باکتری های ناشی از ESBL تولید کننده K Pneumoniae گزارش شده است. WGS نشان داد که شیوع K Pneumoniae مشکوک به شیوع معاصر K Pneumoniae (ST39) و قبلاً گزارش نشده Klebsiella quasipneumoniae similipneumoniae (ST1535) گزارش نشده است. تجزیه و تحلیل ژنومی خوشه های کرنش تقریبا یکسان را برای هر یک از سه پاتوژن شیوع نشان داد ، مطابق با انتقال در بخش نوزادان از مایعات داخل وریدی با استفاده از آلوده و آنتی بیوتیک. فیلوژنی با تاریخ ، از جمله تجزیه و تحلیل گذشته نگر از سویه های باکتریایی بایگانی شده ، نشان می دهد که B cepacia در بخش نوزادان طی چند سال بومی بوده است ، با گونه های Klebsiella مقدمه ای اخیر است.

تفسیر

مطالعه ما تهدید نوظهور سویه های قبلاً گزارش نشده از گونه های مقاوم در برابر چند دارو در این بخش نوزادی را نشان می دهد. مطالعات نظارتی مبتنی بر ژنوم می تواند شناسایی سویه های پاتوژن در گردش ، خصوصیات مقاومت ضد میکروبی را بهبود بخشد و به درک مسیرهای احتمالی کسب عفونت در طول شیوع در واحدهای تازه متولد شده در تنظیمات کم منبع کمک کند. داده های ما شواهدی در مورد لزوم نظارت منظم از انتقال بومی باکتریها در محیط بیمارستان ، شناسایی گونه های مقاوم از جامعه و بهبود شیوه های بالینی برای کاهش یا جلوگیری از شیوع عفونت و مقاومت ارائه می دهد.

منابع مالی

واحد شورای تحقیقات پزشکی گامبیا در دانشکده بهداشت و پزشکی گرمسیری لندن ، فجارا ، گامبیا.

معرفی

در سطح جهانی ، در سال 2018 ، تخمین زده می شود 2 · 5 میلیون نوزاد در 28 روز اول تولد درگذشت و تقریبا 80 ٪ از این مرگ ها در جنوب آسیای جنوبی و کشورهای جنوب صحرای آفریقا رخ داده است.

گروه بین آژانس سازمان ملل متحد برای میزان تخمین مرگ و میر کودکان و روند مرگ و میر کودکان: گزارش 2019. تخمین های تهیه شده توسط گروه بین سازمانی سازمان ملل برای تخمین مرگ و میر کودکان.

عفونت ها (به ویژه سپسیس ، مننژیت و ذات الریه) از مهمترین دلایل این مرگ و میرها بودند.

• لیو ل
• اوزا s
• هوگان د
• و همکاران

علل جهانی ، منطقه ای و ملی مرگ و میر زیر 5 سال در سال 2000-15: یک تحلیل سیستماتیک به روز شده با پیامدهای مربوط به اهداف توسعه پایدار.

خطر عفونت به دست آمده در بیمارستان به ویژه برای نوزادان بستری شده در بیمارستان در محیط های کم منبع ، بسیار زیاد است و با جمعیت بیش از حد و کمبود و همچنین پروتکل های کنترل عفونت ضعیف همراه است.

• زیدی آک
• Huskins WC
• Thaver D
• بوتا زا
• عباس Z
• گلدمن دا

عفونت های باکتریایی گرم منفی به طور فزاینده ای در واحدهای نوزادان ، به ویژه SPP Klebsiella مقاوم به چند دارو ، که در شیوع آن نقش دارند ، شایع است.

• اوکومو تو
• Akpalu Enk
• le doare k
• و همکاران

اتیولوژی عفونت باکتریایی تهاجمی و مقاومت ضد میکروبی در نوزادان در جنوب صحرای آفریقا: یک بررسی منظم و متاآنالیز مطابق با دستورالعمل گزارش Strobe-NI.

ارگانیسم های مجتمع Burkholderia cepacia همچنین با شیوع بیمارستان همراه هستند اما در کشورهای جنوب صحرای آفریقا کمتر گزارش می شوند. اعضای مجتمع B Cepacia پاتوژنهای بی پروا گرم و منفی هستند که می توانند باعث ایجاد عفونت های جدی در بیماران و نوزادان شوند. آنها که اغلب در مخازن مایع یافت می شوند ، می توانند برای مدت طولانی در آب یا ضد عفونی کننده زنده بمانند و از نظر ذاتاً در برابر چندین ماده ضد میکروبی مقاوم هستند. شناسایی شیوع در یک واحد نوزادی می تواند چالش برانگیز باشد ، اما یکی از شاخص ها زمانی است که چندین نوزاد در طی یک دوره کوتاه توسط یک گونه با یک مشخصات مقاومت آنتی بیوتیکی ثابت آلوده می شوند.< SPAN> ارگانیسم های پیچیده Burkholderia cepacia نیز با شیوع بیمارستان همراه هستند اما در کشورهای جنوب صحرای آفریقا کمتر گزارش می شوند. اعضای مجتمع B Cepacia پاتوژنهای بی پروا گرم و منفی هستند که می توانند باعث ایجاد عفونت های جدی در بیماران و نوزادان شوند. آنها که اغلب در مخازن مایع یافت می شوند ، می توانند برای مدت طولانی در آب یا ضد عفونی کننده زنده بمانند و از نظر ذاتاً در برابر چندین ماده ضد میکروبی مقاوم هستند. شناسایی شیوع در یک واحد نوزادی می تواند چالش برانگیز باشد ، اما یکی از شاخص ها وقتی نوزادان متعدد توسط گونه های مشابه با مشخصات مقاومت آنتی بیوتیکی ثابت در طی یک دوره کوتاه آلوده می شوند. جنوب صحرای آفریقا. اعضای مجتمع B Cepacia پاتوژنهای بی پروا گرم و منفی هستند که می توانند باعث ایجاد عفونت های جدی در بیماران و نوزادان شوند. آنها که اغلب در مخازن مایع یافت می شوند ، می توانند برای مدت طولانی در آب یا ضد عفونی کننده زنده بمانند و از نظر ذاتاً در برابر چندین ماده ضد میکروبی مقاوم هستند. شناسایی شیوع در یک واحد نوزادی می تواند چالش برانگیز باشد ، اما یکی از شاخص ها زمانی است که چندین نوزاد در طی یک دوره کوتاه توسط یک گونه با یک مشخصات مقاومت آنتی بیوتیکی ثابت آلوده می شوند.

تحقیقات در مورد شواهد قبل از این مطالعه عفونت های به دست آمده در بیمارستان ، یک مسئله مهم و مهم برای نوزادان در سطح جهان و به ویژه در محیط های کم منبع است ، جایی که آنها تا نیمی از کل مرگ و میر نوزادان در بین نوزادان متولد بیمارستان را بر عهده دارند. در چنین تنظیماتی ، عفونت های به دست آمده در بیمارستان در تمام سطوح مراقبت از نوزادان-هم فشرده و غیر فشرده-و مربوط به استانداردهای ضعیف مراقبت است. جدا از عفونت های بومی ، شیوع عفونت های باکتریایی ، ویروسی و قارچی نیز اغلب گزارش شده است. طیف گسترده β- لاکتاماز تولید کننده enterobacteriaceae (به ویژه Klebsiella pneumoniae) ، استافیلوکوکوس اورئوس (مقاوم در برابر ماتیکیلین و حساس به ماتیکیلین) ، serratia spp ، acinetobacter spp و enterobacter spp به عنوان اصلی ترین باکتری های باکتری در خارج از کشور که در Neonsiation Spateogens Spreakites Spreakiteds Spreakiteds وجود دارد ، ظاهر شده است. کشورها. توالی کل ژنوم (WGS) به طور فزاینده ای برای تکمیل نظارت اپیدمیولوژیک سنتی برای نظارت بر شیوع استفاده می شود. ما تا 3 فوریه 2020 ، بدون محدودیت های تاریخ یا زبان ، با اصطلاحات جستجو [نوزاد* یا نوزاد*] و [عفونت* یا سپسیس یا سپتیک* یا سپتیک* یا سپتیک* یا سپتیک* یا سپتیک* یا سپتیک* یا [pubendix p 2) و pubmed (پیوست ص 3) جستجو کردیم."عفونت بیمارستانی"] به همراه [مرکز (ها) یا واحد (ها) یا مهد کودک یا مهد کودک یا بیمارستان (ها) یا NICU] و [شیوع* یا اپیدمی** یا خوشه*] و ["توالی ژنوم کامل"]. این استراتژی جستجو 35 مطالعه را نشان داد که از استفاده از WGS برای بررسی شیوع نوزادان گزارش شده است ، که تنها یکی از آنها مربوط به کشورهای جنوب صحرای آفریقا بود. این مطالعه گزارش شده است که شناسایی Metallo-β- لاکتاماز (NDM-5) مقاوم در برابر چند دارو (NDM-5)-حاوی Klebsiella quasipneumoniae similipneumoniae از ایزوله های بازیابی شده در طی یک شیوع باکتری نوزادان در یک بیمارستان سوم در یک بیمارستان ترشی در نیجریه 2016 ، و از نظر جراحیهمان بیمارستانشیوع NDM-5 در Klebsiella SPP محدود به K Pneumoniae بود که تنها یک جدا شده از آفریقا جمع آوری شده بود. ارزش افزوده این مطالعه داده های فیلوژنتیک ما نشان دهنده تحمل Burkholderia cepacia در بخش نوزادان تا 8 سال قبل از شیوع است ، نشان می دهد که موارد اضافی و کشف نشده قبل از شروع غربالگری میکروبیولوژیکی وجود دارد ، و گسترش پاتوژن همچنان نامشخص استبیش از چند سالداده های ما همچنین نشان می دهد که شیوع دوم که قبلاً تصور می شد صرفاً به دلیل مقاوم در برابر داروهای مقاوم در برابر چند دارو ، پنومونیه ،

در واقع همزمان ، اما شیوع متمایز به دلیل K quasipneumoniae subsp similipneumoniae و k pneumoniae بود. یافته های ما نشان می دهد ، برای اولین بار در کشورهای جنوب صحرای آفریقا ، وجود فاکتور حدت Yersiniabactin در K quasipneumoniae subsp similipneumoniae. پیامدهای کلیه شواهد موجود طبقه بندی صحیح عفونت های نوزادان به عنوان شیوع بیمارستانی و نه عفونت های ناشی از جامعه ، برای آگاهی از استراتژی های پیشگیری و کنترل عفونت موفقیت آمیز است. این داده ها نیاز به شناسایی دقیق گونه های باکتریایی ، خصوصیات مولکولی مقاومت ضد میکروبی و نظارت منظم میکروبیولوژیکی در محیط بیمارستان را برای تشخیص هر دو عفونت بومی و معرفی مستقل از پاتوژن ها از جامعه برجسته می کند. سیاست های کنترل عفونت برای مبارزه با عفونت های به دست آمده در بیمارستان نیز باید سهم نسبی انتقال درون بیمارستان از پاتوژن های باکتریایی مقاوم و معرفی سویه های مقاوم از جامعه را ترسیم کند.

• در تنظیمات با درآمد بالا ، توالی کل ژنوم (WGS) اکنون ابزار مرجع برای بررسی الگوهای انتقال باکتریایی و توصیف شیوع است. این قدرت حل کننده را برای رد رویدادهای انتقال نشان داده شده با روشهای معمولی (مانند مشخصات مقاومت آنتی بیوتیکی) فراهم می کند ، و همچنین می تواند خوشه های کرنش بدون مشکوک سازگار با انتقال بیمارستانی را نشان دهد.
• هریس SR
• Cartwright EJ
• و همکاران

و همکاران